تأسس معهد رويان للأبحاث عام 1991 كمركز جراحة محدودة، بهدف تقديم الخدمات العلاجية للأزواج الذين يعانون من العقم، إلى جانب البحث العلمي والتعليم في مجالات علوم الخصوبة والعقم. وقد أسسه المغفور له الدكتور سعيد كاظمي آشتياني، بمشاركة نخبة من الباحثين وزملائه في جهاد الجامعة للعلوم الطبية – إيران. وفي عام 1998 حصل المعهد على ترخيص إنشاء مركز أبحاث علوم الخلايا، كما حصل عام 2008 على ترخيص مركز أبحاث الطب التناسلي، وذلك من المجلس المختص بوزارة الصحة والعلاج والتعليم الطبي. وفي نوفمبر 2009 وافق مجلس تطوير التعليم العالي بوزارة العلوم والبحوث والتكنولوجيا على ترقيته من معهد أبحاث إلى معهد رويان للأبحاث بوصفه مؤسسة بحثية مستقلة ذات طابع وطني.