پژوهشگاه رویان هشتم خرداد ماه سال ۱۳۷۰ به عنوان مرکز جراحی محدود با هدف ارائه خدمات درمانی به زوج‌های نابارور و پژوهش و آموزش در زمینه علوم باروری و ناباروری توسط زنده یاد دکتر سعید کاظمی آشتیانی و گروهی از پژوهشگران و همکارانش در جهاد دانشگاهی علوم پزشکی ایران تأسیس شد. پژوهشگاه رویان در سال‌های ۱۳۷۷ و ۱۳۸۷ به ترتیب مجوز مراکز تحقیقات علوم سلولی و مرکز تحقیقات پزشکی تولید مثل را از شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دریافت کرد و آبان ماه ۱۳۸۸ شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ارتقای آن از پژوهشکده به پژوهشگاه رویان موافقت کرد.
پژوهشگاه رویان، از سوی معاونت فرهنگی جهاد دانشگاهی به عنوان واحد برگزیده فرهنگی در حوزه خانواده شد.
به گزارش روابط عمومی مرکز علمی جهاد دانشگاهی، فهرست ۲ درصد برتر دانشمندان جهان که توسط دانشگاه استنفورد انجام می‌شود، یک رتبه‌بندی معتبر است که تأثیرگذارترین محققان را در حوزه‌های موضوعی مختلف شناسایی و معرفی می‌کند. در این بین ۴ محقق پژوهشگاه رویان که در زمره دو درصد دانشمندان برتر جهان قرار دارند، توسط مرکز اطلاعات علمی جهاد دانشگاهی معرفی شد.
