پژوهشگاه رویان هشتم خرداد ماه سال ۱۳۷۰ به عنوان مرکز جراحی محدود با هدف ارائه خدمات درمانی به زوج‌های نابارور و پژوهش و آموزش در زمینه علوم باروری و ناباروری توسط زنده یاد دکتر سعید کاظمی آشتیانی و گروهی از پژوهشگران و همکارانش در جهاد دانشگاهی علوم پزشکی ایران تأسیس شد. پژوهشگاه رویان در سال‌های ۱۳۷۷ و ۱۳۸۷ به ترتیب مجوز مراکز تحقیقات علوم سلولی و مرکز تحقیقات پزشکی تولید مثل را از شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دریافت کرد و آبان ماه ۱۳۸۸ شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ارتقای آن از پژوهشکده به پژوهشگاه رویان موافقت کرد.
پژوهشگاه رویان در همایش و نمایشگاه بین المللی Global Med Brands 2025 استانبول به عنوان یکی از مراکز پیشروی جهانی در حوزه سلامت معرفی شد و تندیس طلایی این رویداد را دریافت کرد.
دکتر محمد رضایی، پژوهشگر مرکز دیابت پژوهشگاه رویان در روز چهارشنبه مورخ ۱۷ اردیبهشت ۱۴۰۴ در پژوهشگاه دانش‌های بنیادی (IPM) در ارتباط با زبرافیش به عنوان مدل حیوانی برای کارهای تحقیقاتی سخنرانی کرد.
