پژوهشگاه رویان هشتم خرداد ماه سال ۱۳۷۰ به عنوان مرکز جراحی محدود با هدف ارائه خدمات درمانی به زوج‌های نابارور و پژوهش و آموزش در زمینه علوم باروری و ناباروری توسط زنده یاد دکتر سعید کاظمی آشتیانی و گروهی از پژوهشگران و همکارانش در جهاد دانشگاهی علوم پزشکی ایران تأسیس شد. پژوهشگاه رویان در سال‌های ۱۳۷۷ و ۱۳۸۷ به ترتیب مجوز مراکز تحقیقات علوم سلولی و مرکز تحقیقات پزشکی تولید مثل را از شورای گسترش دانشگاه‌های علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دریافت کرد و آبان ماه ۱۳۸۸ شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ارتقای آن از پژوهشکده به پژوهشگاه رویان موافقت کرد.
سلول‌های بنیادی خون‌ساز ذخیره‌شده در شرکت فناوری بن‌یاخته‌های رویان، از شرکت‌های دانش‌بنیان وابسته به پژوهشگاه رویان جهاددانشگاهی، برای پیوند به یک کودک چهار ساله مبتلا به نوروبلاستوما در بیمارستان آنکولوژی امیر شیراز مورد استفاده قرار گرفت.
مرکز تحقیقات علوم سلولی پژوهشگاه رویان جهاددانشگاهی در ارزشیابی فعالیت‌های پژوهشی و فناوری مراکز تحقیقات بیومدیکال کشور در سال ۱۴۰۴، رتبه دوم را در میان ۱۸۰ مرکز تحقیقاتی با بیش از ۱۰ سال سابقه فعالیت کسب کرد.
