پژوهشگاه رویان هشتم خرداد ماه سال ۱۳۷۰ به عنوان مرکز جراحی محدود با هدف ارائه خدمات درمانی به زوجهای نابارور و پژوهش و آموزش در زمینه علوم باروری و ناباروری توسط زنده یاد دکتر سعید کاظمی آشتیانی و گروهی از پژوهشگران و همکارانش در جهاد دانشگاهی علوم پزشکی ایران تأسیس شد. پژوهشگاه رویان در سالهای ۱۳۷۷ و ۱۳۸۷ به ترتیب مجوز مراکز تحقیقات علوم سلولی و مرکز تحقیقات پزشکی تولید مثل را از شورای گسترش دانشگاههای علوم پزشکی وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی دریافت کرد و آبان ماه ۱۳۸۸ شورای گسترش آموزش عالی وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با ارتقای آن از پژوهشکده به پژوهشگاه رویان موافقت کرد.
پژوهشگاه رویان با همکاری مجموعه خیریه ابوعلی سینا شیراز، مرکز رویان ابوعلی سینا را راهاندازی کرد.
روز دوشنبه چهارم تیرماه ۱۴۰۳ مصادف با هفدهم ماه مبارک ذی الحجه، مرکز نیکوکاری یاران موعود (عج) وابسته به پژوهشگاه رویان جهاد دانشگاهی، میزبان ۲۵۰ دانش آموز باهوش ایتام، محسنین و بد سرپرست پاکدشت، تهران و دانش آموزان معلول مدرسه استثنائی از تهران بود.
